Краткое содержание

arXiv:2511.14559v1 Тип объявления: кросс Аннотация: Глубокие генеративные модели быстро продвигаются в области структурно-ориентированного дизайна лекарственных средств, предлагая значительные перспективы для создания малых молекулярных лигандов, способных связываться с определенными белковыми мишенями. Однако большинство современных подходов предполагают наличие жесткой белковой связывающей полости, игнорируя присущую белкам гибкость и конформационные перестройки, вызванные связыванием лиганда, что ограничивает их применимость на практике при разработке лекарств. В данной работе мы предлагаем Apo2Mol — диффузионную генеративную архитектуру для трехмерного проектирования молекул, которая явно учитывает конформационную подвижность белков в местах связывания. Для поддержки этого подхода нами был подготовлен набор данных из более чем 24 тысяч экспериментально определенных пар структур апо-голо-белков из Банка данных белков (Protein Data Bank), позволяющий охарактеризовать изменения структуры белка, связанные со связыванием лиганда. Apo2Mol использует полную атомарную иерархическую графовую модель диффузии, одновременно генерирующую трехмерные молекулы лиганда и соответствующие им...