Краткое содержание

arXiv:2410.15040v2 Тип объявления: замена Аннотация: Антитела — это ключевые белки, отвечающие за иммунный ответ организма, способные специфически распознавать антигенные молекулы патогенов. Последние достижения в области генеративных моделей существенно улучшили рациональный дизайн антител. Однако существующие методы преимущественно создают антитела с нуля без учета шаблонов, что вызывает трудности оптимизации модели и приводит к появлению нефизиологичных последовательностей. Для решения указанных проблем мы предлагаем подход на основе диффузионной модели с механизмом поиска структурных аналогов (RADAb), предназначенный для эффективного проектирования антител. Наш метод использует набор гомологичных мотивов структуры, согласующихся с заданными структурными ограничениями запроса, чтобы направлять генеративную модель на обратное оптимизирование антител согласно желаемым критериям дизайна. В частности, нами предложена структура-информированная система поиска, интегрирующая эти примерные мотивы с входящим каркасом белка через новый модуль двунаправленного удаления шума, использующий одновременно структурную и эволюционную информацию.