Краткое содержание

arXiv:2511.12489v1 Тип объявления: новый Аннотация: Структурно-ориентированный дизайн лекарств (SBDD) стал популярным подходом в разработке препаратов, использующим трёхмерные структуры белков для генерации лигандов. Однако существующие генеративные модели сталкиваются с рядом ключевых проблем: (1) учёт ограничений граничных условий, (2) интеграция иерархических структурных условий и (3) обеспечение точности пространственного моделирования. Для решения этих ограничений мы предлагаем SculptDrug — ориентированную на пространственные условия генеративную модель, основанную на байесовских потоковых сетях (BFN). Во-первых, SculptDrug следует архитектуре на основе BFN и использует стратегию прогрессивного шумоподавления для обеспечения точности пространственного моделирования, итеративно уточняя позиции атомов при одновременном усилении локальных взаимодействий для точного пространственного совмещения. Во-вторых, мы представляем блок осознания границ, который интегрирует ограничения белковой поверхности в генеративный процесс, чтобы гарантировать геометрическую совместимость генерируемых лигандов с целевым белком.